Juridicul asigură conformitatea cu normele legale a tuturor procedurilor, activităţilor şi actelor oficiale ale Institutului European din România. De asemenea, compartimentul oferă consultaţii juridice şi avizează, pentru legalitate, toate activităţile specifice Institutului European din România.
Resursele umane implementează prevederile legale în domeniul recrutării şi selecţiei personalului, evaluării performanţelor personalului, elaborării şi gestionării programelor de instruire a personalului, precum şi administrării relaţiilor de muncă din cadrul Institutului European din România.

Compartimentul Achiziţii Publice asigură punerea în aplicare a dispoziţiilor legale privind procedurile de achiziţii publice.

Compartimentul Financiar - Contabilitate are ca obiectiv principal fundamentarea şi elaborarea proiectului de buget al Institutului European din România, pe baza propunerilor compartimentelor de specialitate.
Compartimentul economic aigură evidenţa angajamentelor bugetare şi legale, ţine evidenţa contabilă sintetică şi analitică a patrimoniului, exercită viza de control financiar preventiv, efectuează plăţile în conformitate cu prevederile bugetare aprobate, întocmeşte situaţiile financiare la termínele prevăzute de lege şi raspunde de înregistrarea corectă a operaţiunilor patrimoniale.

Logistica desfăşoară activităţile care determină mişcarea bunurilor aflate în patrimonial Institutului, asigură gestiunea, stocarea şi gestionarea bunurilor din patrimonial Institutului European din România.
Arhiva are ca are ca obiect de activitate organizarea, ordonarea şi păstrarea tuturor documentelor conform legislaţiei specifice în domeniu.
IT are rolul de a asigura suportul informatic pentru desfăşurarea activităţii Institutului şi securitatea informaţiilor şi datelor din cadrul Institutului European din România.